Les trains, métros, bus et taxis font partie des moyens de transports japonais. Les règles d'utilisation des trains et des bus comme l'achat des tickets, ou la manière de monter et de descendre peut changer selon la région. Veuillez vous familiariser avec les règles régionales de façon à ne pas être trop désorienté en voyageant.

Les chemins de fer au Japon incluent les lignes JR gérées par Japan Railways Group, les lignes gérées par les préfectures (ou le gouvernement métropolitain dans le cas de Tokyo), les villes, les villages ou les lignes privées gérées par des sociétés privées.  Il y a plusieurs types de réseaux ferrés tels que ceux du métro, du monorail et du tramway.
Les trains sont classifiés de la manière suivante, par ordre de vitesse: Shinkansen (le TGV japonais), Tokkyu (le super express), Kyuko (l'express), Kaisoku (le rapide), Futsu (le train normal), Seul les trains futsu s'arrêtent à toutes les gares. Pensez à vérifier les arrêts sur un plan afin de vous habituer au système.
* Selon les régions et les lignes, il y a d'autres types de trains comme le tsukin-kaisoku (la navette rapide), le kaisoku-tokkyu (le super express rapide) et le junkyu (l'express local) qui fonctionnent à différentes vitesses et s'arrêtent à différents arrêts.

Avant de prendre le train, veuillez vérifier votre gare de destination ainsi que les tarifs sur le plan des voies ferroviaires situé au dessus des distributeurs de tickets. S'il s'agit d'une ligne JR, les trains en partance de Tokyo sont appelés "kudari" et les trains en direction de Tokyo sont appelés "nobori". Pour les lignes périphériques, on fait la différence entre  les "sotomawari" et les "uchimawari" suivant la voie empruntée (à l'extérieur ou à l'intérieur de la boucle).

Lorsque vous prenez le train, généralement vous payez le tarif de base (futsu-unchin) qui augmente en fonction de la distance parcourue. Les trains express JR comme le Shinkansen, le Tokkyu et le Kyuko nécessitent un supplément en plus du tarif de base. Les wagon-lits (shindai-ressha) et les places réservées (shitei-seki) requièrent de nouveaux suppléments appelés respectivement "shindai-ryokin" et "shitei-ryokin".
Les enfants de moins de 12 ans bénéficient d'un demi-tarif. C'est gratuit pour les enfants de moins de 6 ans accompagnés à condition qu'il n'y ait pas plus de 2 enfants de moins de 6 ans. Dans le cas contraire, chaque enfant supplémentaire devra payer le plein tarif.

Les tickets sont vendus dans les distributeurs de tickets ou aux guichets des gares en précisant la gare de destination. Si vous ne savez pas utiliser le distributeur automatique de tickets. il est préférable de demander au guichet.
Il y a différents types de tickets de train, comme l'indique ce qui suit:

Pour entrer dans la gare, vous devez insérer un ticket dans la fente de la machine du portillon automatique avant de passer et de récupérer le ticket de l'autre côté. N'oubliez pas de le récupérer. Il vous servira au moment de sortir de votre gare de destination. Par contre, une fois inséré le ticket ne ressort pas du portillon de la gare de sortie, passez donc sans vous en soucier.
S'il n'y a pas de portillon automatique, présentez simplement votre ticket à l'employé présent pour qu'il le poinçonne.