A ajuda de custo ao estagiário é o valor pago para as despesas do estagiário durante sua permanência no Japão (incluem-se despesas com alimentação, vestuário, educação e lazer, despesas com telefonemas e demais despesas). Essa ajuda de custo deve ser paga diretamente ao interessado, uma vez ao mês em dia pré-determinado, sendo que na chegada do estagiário ao Japão é paga uma parcela para fazer frente às primeiras despesas. No caso de ser efetuado depósito direto em conta é necessário haver anuência do interessado. A caderneta do banco, o carimbo e o cartão bancário devem ser mantidos pelo estagiário.
Com relação às despesas com transporte de ida e volta ao Japão, despesa com moradia, despesas relacionadas ao estágio, prêmios de seguro etc., em regra são pagas pelo empreendimento recebedor.
Além disso, o custo administrativo de envio e a ajuda de custo ao estagiário são bem distintos e o custo administrativo de envio não deve ser descontado da ajuda de custo ao estagiário.