As escolas de 2º grau são normalmente denominadas escolas de ensino médio (doravante, escolas de ensino médio). Mais de 90% dos japoneses continuam seus estudos no ensino médio. Assim como no ensino fundamental, há escolas nacionais administradas pelo governo, escolas públicas administradas pela capital, províncias, prefeituras ou subprefeituras locais e escolas particulares administradas por pessoas jurídicas. No caso de escolas públicas, há limitações nas escolas de ensino médio públicas dependendo da região onde você reside.
Como o ensino médio não é compulsório, a matrícula e taxas de aulas e material didático deverão ser arcadas pelos pais e responsáveis.

Para efetuar matrícula em uma escola de ensino médio é necessário passar nas provas de ingresso. Há escolas de ensino médio com processo seletivo que consiste em um sistema de recomendação que permite o ingresso através de entrevistas para alunos com excelente desempenho ou aptidões artísticas. Além disso, existem escolas de ensino médio com vagas especiais para estrangeiros. Consulte a escola desejada sobre os procedimentos de matrícula.

É possível se submeter aos exames de ingresso ao ensino médio, contanto que o aluno tenha previsão de se formar por uma escola de ensino fundamental intermediária japonesa ou aqueles com capacidade reconhecida como equivalente ou acima de formandos por escolas japonesas de ensino fundamental intermediário. Para os formandos de escolas fundamentais no exterior é necessário o diploma.

Trata-se de exame realizado pelo governo para reconhecimento da capacidade ou não equivalente a formando do ensino fundamental intermediário. Os aprovados no exame estão qualificados para ingressar (através de exame) em uma escola de ensino médio. Qualquer estrangeiro pode se submeter ao exame, contanto que tenham 15 anos completos até 31 de março do referido ano.