การแปลงสัญชาติกับการอนุมัติพำนักอาศัยอยู่ถาวรมีความแตกต่างกัน การแปลงสัญชาติคือเปลี่ยนสัญชาติอื่นเป็นสัญชาติญี่ปุ่น หากมีบุคคลใดถือสัญชาติต่างด้าวแล้วต้องการแปลงสัญชาติเป็นญี่ปุ่น ต้องยื่นคำร้องขอการแปลงสัญชาติ  ประเทศญี่ปุ่นไม่อนุญาตให้ถือสัญชาติซ้อนกันซึ่งหากท่านต้องการแปลงเป็นสัญชาติญี่ปุ่น  ต้องละทิ้งสัญชาติประเทศบ้านเกิด แล้วต้องได้รับการอนุมัติจากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม ถึงแม้ว่าจะจดทะเบียนสมรสกับคนญี่ปุ่นหรือเป็นลูกบุญธรรมของคนญี่ปุ่นก็ตาม  ก็จะไม่ได้รับการเปลี่ยนเป็นสัญชาติญี่ปุ่นโดยทันที

ยื่นใบคำร้องขอแปลงสัญชาติที่กรมยุติธรรมในเขตอาศัย หากได้รับการอนุมัติแล้วก็จะไม่มีสถานะภาพการพำนัก และจะถูกบันทึกข้อมูลลงทะเบียนราษฏร์ ของญี่ปุ่น มีสิทธิการจดทะเบียนผู้พำนักอาศัยหรือมีสิทธิเลือกตั้ง และมีหน้าที่ในเสียภาษีที่เกิดจากรายได้การทำงาน รายละเอียดติดต่อสอบถามที่กรมยุติธรรมที่ในเขตอาศัย มีค่าธรรมเนียมในการดำเนินการ