ค่าฝึกงานจะจ่ายให้กับผู้ฝึกงานตามค่าใช้จ่ายตามจริง(ค่าอาหาร ค่าเสื้อผ้า ค่าสันทนาการ ค่าโทรศัพท์ เป็นต้น)ในระยะเวลาที่อาศัยอยู่ในประเทศญี่ปุ่น องค์กรจะต้องจ่ายค่าตอบแทนการฝึกงานให้กับผู้ฝึกงานบโดยตรงเป็นเงินจำนวนตามวันที่ระบุไว้ของทุกเดือน  แต่ตอนเข้าประเทศจะต้องจ่ายเงินจากค่าตอบแทนการฝึกงานส่วนหนึ่งเพื่อเป็นเป็นเงินสำรองเลี้ยงชีพ กรณีของโอนทำการโอนเงินบัญชีธนาคารตกลงกันกับผู้ฝึกงาน ผู้ฝึกงานเป็นผู้เก็บรักษาบัญชีธนาคาร ตราประทับและบัตรเอทีเอ็มด้วยต้นเอง
อนึ่ง องค์กรที่ได้รับอนุญาตให้รับผู้ฝึกงานจะเป็นผู้จ่ายค่าเดินทาง ค่าที่พักอาศัย ค่าจัดการฝึกงานและค่าประกันภัยของผู้ฝึกงาน องค์กรยังต้องแยกค่านายหน้ากับค่าการฝึกงานให้ชัดเจน และห้ามเก็บค่านายหน้าจากค่าการฝึกงาน