โรงเรียนมี 3 ประเภท คือ โรงเรียนในสังกัดรัฐซึ่งบริหารโดยประเทศ,โรงเรียนประจำอำเภอหรือเทศบาล ซึ่งบริหารโดยจังหวัดและเทศบาล และโรงเรียนเอกชนซึ่งบริหารโดยโรงเรียนที่เป็นนิติบุคคล
กรณีของโรงเรียนประถม / มัธยมของรัฐตามระเบียบแล้ว   มีการกำหนดโรงเรียนที่จะเข้าศึกษาตามสถานที่อยู่อาศัย   โดยไม่มีการสอบเข้า   ส่วนการเข้าเรียนโรงเรียนเอกชนต้องผ่านการสอบเข้าเรียน

โรงเรียนของญี่ปุ่นจะเริ่มเปิดการเรียนในเดือนเมษายน และสิ้นสุดที่เดือนมีนาคมของปีถัดไป ปีการศึกษาของโรงเรียนเกือบทั้งหมดแบ่งออกเป็น 3เทอมการศึกษา เทอมที่1 ตั้งแต่เดือนเมษายนถึงเดือนกรกฎาคม, เทอมที่2 ตั้งแต่เดือนกันยายนถึงเดือนธันวาคม, เทอมที่ 3 ตั้งแต่เดือนมกราคมถึงเดือนมีนาคม มีวันหยุดระหว่างแต่ละเทอมประมาณ 40วัน คือ วันหยุดฤดูร้อน 2อาทิตย์คือวันหยุดฤดูหนาว,วันหยุดฤดูใบไม้ผลิ ตามลำดับ