โรงเรียนระดับสูงหรือที่เรียกทั่วไปว่าโรงเรียนมัธยมศึกษาตอนปลาย คนญี่ปุ่นประมาณกว่าร้อยละ 90 จะเข้าศึกษาต่อยังชั้นมัธยมปลาย โรงเรียนมัธยมปลายแบ่งออกเป็น 3 ประเภทเช่นเดียวกับโรงเรียนประถมและโรงเรียนมัธยมต้น คือ โรงเรียนในสังกัดรัฐซึ่งบริหารโดยประเทศ,โรงเรียนประจำอำเภอหรือเทศบาล ซึ่งบริหารโดยจังหวัดและเทศบาล และโรงเรียนเอกชนซึ่งบริหารโดยโรงเรียนที่เป็นนิติบุคคล

การเข้าเรียนในโรงเรียนประจำอำเภอหรือเทศบาลจำกัดให้เข้าเรียนในโรงเรียนตามเขตที่ตนพักอาศัยอยู่
เนื่องจากการเรียนในระดับมัธยมปลายเป็นการศึกษาภาคบังคับจึงจำเป็นจะต้องรับผิดชอบค่าเข้าเรียน,ค่ารายวิชา,ค่าตำราเรียน เป็นต้น ด้วยตัวเอง

จะต้องผ่านการสอบคัดเลือกของโรงเรียนมัธยมปลายในแต่ละแห่งเพื่อเรียนเข้าเรียนในชั้นมัธยมปลาย มีโรงเรียนที่ใช้ระบบรับเข้าเรียนจากการสัมภาษณ์ ในกรณีที่มีความสามารถพิเศษ หรือมีผลการเรียนดีเยี่ยม ยังมีโรงเรียนที่จัดเตรียมขึ้นมาเฉพาะสำหรับชาวต่างชาติดังนั้นกรุณาสอบถามไปยังโรงเรียนที่มีความประสงค์จะเข้าเรียน

ถ้าคาดว่าจะจบการศึกษาจากโรงเรียนมัธยมต้นของญี่ปุ่น หรือได้รับการรับรองความรู้เทียบเท่ากับการจบการศึกษาชั้นมัธยมต้นแล้ว สามารถสอบเข้าเรียนต่อในระดับมัธยมปลายได้บุคคลที่จบการศึกษาจากโรงเรียนมัธยมต้นในต่างประเทศ จะต้องใช้ใบรับรอง

ผู้ผ่านการสอบที่จัดขึ้นโดยรัฐบาลเพื่อรับรองว่ามีความรู้หลังจากจบมัธยมต้น จะมีคุณสมบัติในการเข้าเรียนในมัธยมปลาย(สอบเข้า) บุคคลถือสัญชาติต่างด้าวผู้มีอายุมากกว่า 15 ปีบริบูรณ์ภายในวันที่ 31 มีนาคม สามารถสอบเข้าได้