Trường phổ thông trung học ( koutougakkou) nói chung được gọi là koukou( dưới đây sẽ gọi là trường cấp 3). Khoảng trên 90% người Nhật học lên cấp 3. Cũng giống như trường tiểu học và phổ thông cơ sở, trường cấp 3 có 3 loại: Trường quốc lập do nhà nước quản lý, trường công lập do địa phương quản lý và trường tư do các tổ chức pháp nhân quản lý.Trường công lập thì có giới hạn tùy theo khu vực bạn sinh sống.
Tuy nhiên, vì trường cấp 3 không phải là giáo dục nghĩa vụ nên bạn phải tự mình trả các khoản như tiền nhập học, tiền học phí, tiền sách giáo khoa…

Để vào học trường cấp 3 thì phải thi đậu kỳ thi vào các trường trường cấp 3. Có cả những trường mà nếu thành tích học tập xuất sắc, hoặc giỏi về một chuyên môn nào đó, có thể vào học theo chế độ nhập học tiến cử với hình thức thi khác như thi phỏng vấn.v.v... Ngoài ra, còn có cả những trường có khung đặc biệt cho người nước ngoài, vậy bạn hãy hỏi trường mà bạn muốn vào học.

Sắp tốt nghiệp phổ thông cơ sở của Nhật, hoặc nếu được công nhận là có học lực tương đương với tốt nghiệp phổ thông cơ sở của Nhật trở lên, thì có thể thi vào trường cấp 3. Những người tốt nghiệp phổ thông cơ sở ở nước ngoài cần phải có giấy chứng minh.

Đây là kỳ thi quốc gia để nhận định có học lực trình độ tốt nghiệp phổ thông cơ sở hay chưa, và những người đậu được nhập học (dự thi) vào trường cấp 3.Người có quốc tịch nước ngoài thì bất cứ ai cũng có thể dự thi nếu tròn 15 tuổi tính đến ngày 31 tháng 3 năm đó.